Epoque Gallo-Romaine
Faute de trouver des traces d’occupation des lieux antérieures à la fondation de la ville au Xe siècle, le site marécageux de La Rochelle a parfois été considéré comme inhabité avant cette époque. Pourtant, d’après l’historien Louis-Étienne Arcère, des Alains venus de l’Est se seraient implantés dans cette région déserte et marécageuse au Ve siècle, habitant dans des huttes et vivant de la pêche, du cabotage et de la viticulture.
De récentes découvertes ont permis d’établir que tous les promontoires de la côte d’Aunis avaient été habités à l’époque gallo-romaine. On a ainsi retrouvé des traces de marais salants de grande taille datant de -8 à -2 et les fondations de deux imposantes et luxueuses villas romaines. Ces villas, dont l’une se trouve à Saint-Éloi et l’autre aux Minimes, constituaient le centre d’un vaste domaine agricole du Ier siècle au IVe siècle. Leur découverte a confirmé que les Romains occupaient le site, exploitant les ressources de la baie de La Rochelle.
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Moyen-Age
Un petit hameau appelé Cougnes, dont l’origine reste imprécise, et vivant de l’exploitation de marais salants, est vraisemblablement le quartier le plus ancien connu de la cité de La Rochelle. En se développant, les habitations de Cougnes se rapprochent progressivement de la mer, jusqu’à ce qu’aux environs du IXe siècle, une cité de pêcheurs appelée Rupella (petite roche) soit fondée sur un promontoire rocheux au milieu des marais, origine du nom de la ville de La Rochelle. Une tour de défense carrée, appelée tour Maulevault, ainsi qu’une église, l’église Notre-Dame-de-Cougnes, sont construites à cette époque.
Au Xe siècle, en l’an 961, Guillaume d’Aquitaine octroie à La Rochelle une charte concernant le droit d’ancrage et de lestage des navires. À cette époque, le port primitif se situe à proximité de l’actuelle place de Verdun, au pied d’une tour, berceau du château Vauclair, et autour duquel la ville se développe. Il sera déplacé plus tard à son emplacement actuel. Situé au fond d’une baie abritée des fureurs de l’océan par les Île de Ré et d’Oléron, alimenté par des sources d’eau douce, le lieu convient parfaitement à l’implantation d’un port. Ce faisant, le port de La Rochelle joue dès le XIIe siècle, et durant tout le Moyen Âge, un rôle de premier ordre.
Réforme
Dans les années 1530 et suivantes, la population de La Rochelle se convertit au protestantisme, pour être entièrement huguenote au début des guerres de religion. Dans le cadre de la politique générale de centralisation du gouvernement menée par François Ier. Charles Chabot, seigneur de Jarnac et gouverneur de La Rochelle sous l’autorité de Henri d’Albret, œuvre à anéantir les privilèges de La Rochelle. En 1530, il supprime notamment le corps de ville et la mairie élective, héritage de 1199, et réduit le nombre d’échevins, au prétexte que la ville se servait des recettes de l’octroi pour renforcer ses fortifications. Le 1er avril 1536, Charles Chabot s’attribue un mandat de maire perpétuel de La Rochelle, ce qui lui attire la haine de la population. Des émeutes éclatent, que Charles Chabot tente de mater en faisant procéder à des exécutions publiques.
Le 12 avril 1541, un édit royal étend l’impôt de la gabelle à La Rochelle et au pays d’Aunis, qui en étaient jusque là exemptés par leurs privilèges. Les habitants protestent, et de nouveaux troubles et émeutes éclatent en 1542. Le gouverneur Charles Chabot fait alors venir une garnison de 200 soldats afin de se protéger du peuple, mais ces derniers se livrent à de nombreux abus et ne font qu’exacerber la colère de la population, qui se soulève et les chasse des la ville, obligeant Charles Chabot à s’enfuir et à retourner sur ses terres de Jarnac. Le 30 décembre 1542, c'est François Ier lui-même qui, arrivant de Cognac, se rend à La Rochelle. Le 1er janvier 1543, il rencontre les notables rochelais et pardonne finalement la ville en la maintenant dans ses privilèges.
Le grand siecle
Le 29 mars 1614, le corps municipal de La Rochelle entérine une charte dont les 29 articles édifient l’administration de la ville. Les Rochelais s’insurgent contre Jean Louis de Nogaret de la Valette, Duc d'Épernon, et représentant du roi.
De 1620 à 1628, Louis XIII, qui entend mettre fin aux privilèges politiques dont bénéficient les protestants depuis les guerres de religions, mène une politique de rétablissement de l’autorité militaire de l’État. En réaction, de 1621 à 1625, les provinces de Saintonge, de Guyenne et de Languedoc se soulèvent, menées par Henri II de Rohan, et de véritables opérations militaires ont lieu autour de La Rochelle, Saint-Jean-d'Angély, Montauban et Montpellier.
En mai 1621, La Rochelle proclame son indépendance, et la constitution d’un « État protestant » est établie. Excédé par les Rochelais qui veulent faire de leur ville une république, le roi Louis XIII confie en juin 1621 au duc d’Épernon le soin d’investir la ville.
Le 6 octobre 1621, à la tête d’une flotte de 22 navires, Jean Guiton défait, après deux heures de combats, les 40 navires royalistes, commandés par Isaac de Razilly, et venus faire le blocus de la ville. Le 9 octobre 1621, Isaac de Razilly reçoit 5 navires en renfort du gouverneur de Brouage, mais essuie un nouvel échec, et est chassé des eaux rochelaises. Le 6 novembre 1621, Jean Guiton apprend que 18 navires du Roi sont à Brouage pour se faire radouber. Il prend de nouveau la tête de la flotte rochelaise, et défait la flotte ennemie, capturant deux navires royalistes avec leurs équipages, le Saint-François et le Saint-Louis. Les Rochelais sont désormais maîtres de la mer, et ravagent le pays entre la Loire et la Garonne.
Fronde
Au milieu du XVIIe siècle, Louis de Foucault de Saint-Germain Beaupré, comte du Daugnon, gouverneur royal de l’Aunis et des îles et véritable tyran, décide de faire de la tour Saint-Nicolas son réduit de sûreté à La Rochelle. Pour cela, il fait édifier un ouvrage à corne triangulaire entouré d’un profond fossé, afin de se protéger de la ville. En 1649, il se range du côté des frondeurs et fait fortifier les tours, notamment en faisant araser le parapet de la tour Saint-Nicolas pour l’équiper d’une douzaine de pièces de fonte, ainsi que pour d’autres points élevés de la ville.
En 1651 cependant, à l’arrivée des troupes du roi Louis XIV menées par Henri de Lorraine, comte d’Harcourt, il s’enfuit rejoindre le prince de Condé à Bordeaux, en laissant son lieutenant, de Besse, à la tête de quelques soldats réfugiés dans les tours. Pour les déloger, le marquis d'Estissac, fait miner les tours et ouvre le feu au canon. Le dernier étage de la tour Saint-Nicolas est bombardé et détruit, et les soldats se rendent juste avant que les troupes royales ne fassent sauter la tour de la Lanterne. Le lieutenant de Besse est trahi par ses propres soldats qui le précipitent du haut du parapet de la tour Saint-Nicolas le 29 novembre 1651. Bien que cela soit demandé par la ville, le roi refuse de faire démolir la tour et l’incorpore au domaine militaire.
Siecle des Lumières
La persécution grandissante des Huguenots culmine avec la révocation de l’édit de Nantes par Louis XIV en 1685, entraînant l’émigration de nombreux Huguenots, dont beaucoup d’artisans ou de membres de la bourgeoisie, qui s’exilent et fondent des villes telles que New Rochelle en 1689. C’est un coup dur pour l’économie française.
Au XVIIe siècle et au XVIIIe siècle, le Vieux-Port de La Rochelle draine alors plus de la moitié du trafic colonial vers la Nouvelle-France. C’est une période prospère, marquée par d’intenses échanges avec le Nouveau Monde en général, et la Nouvelle-France (Canada et Antilles) en particulier. En 1694, le commerce de fourrures du Canada et de sucre des Antilles s’épanouit, et le rayonnement artistique de La Rochelle s’intensifie.
La mort du Roi Soleil, en 1715, voit l’accession au trône du futur roi Louis XV. Étant trop jeune pour gouverner, un régent est nommé en la personne de Philippe, duc d’Orléans. C’est la Régence, période au cours de laquelle le duc d’Orléans procède à bon nombre de changements politiques : modification des alliances, mise en œuvre des théories économiques de John Law, augmentation des libertés et légitimation du Parlement, réformes religieuses (Jansénisme). C’est dans ce cadre que le 5 février 1718, la mairie de La Rochelle est rendue de nouveau élective et composée d’un maire, tandis qu’est ouverte en 1719 la Chambre de commerce et d'industrie de La Rochelle.
Révolution industrielle
Le chemin de fer arrive à La Rochelle le 6 septembre 1857 grâce à la Compagnie du chemin de fer de Paris à Orléans, qui vient de terminer la construction d’une ligne venant de Poitiers, et inaugure une gare en impasse dénommée « La Rochelle-PO » (pour Paris - Orléans), située sur le côté nord de l’actuel bassin des chalutiers (emplacement actuel de l’hôtel Océanides).
Entre 1862 et 1871, la Compagnie des Charentes procède à la construction d’une ligne le long du littoral atlantique, et inaugure le 17 juin 1872 une nouvelle gare, située au sud de la première, desservie par la ligne La Roche-sur-Yon - La Rochelle. Le 29 décembre 1873 la ligne directe La Rochelle - Rochefort est inaugurée. Puis la ville est reliée à Coutras et finalement à Limoges par Angoulême le 12 août 1875.
Le 15 juin 1867, Jean Guiton inaugure la desserte de l’île de Ré au départ de La Rochelle, et la naissance de la compagnie maritime Delmas, qui naît à cette occasion.
En 1870, il apparaît nécessaire de construire un nouveau port. Celui-ci est édifié par l’ingénieur Bouquet de la Grye à 5 km à l’ouest de la ville, en un lieu dénommé la Mare-à-la-Besse, sur le secteur de La Pallice. Commencé en 1881, il est inauguré en 1890 par Sadi Carnot, alors président de la République française, et mis en service en 1891.
Première guerre mondiale
La ville, qui restera épargnée par les combats, sert de base arrière aux alliés pendant la Première Guerre mondiale. Le port de commerce de La Pallice devient ainsi une base de stockage de matériels, de carburant et de nourriture, tandis que le génie américain améliore l’assainissement et la distribution d’eau. La rade accueille une escadrille d’hydravions de lutte anti-sous-marine, et des cinquantaines de navires, qui vont décharger plus de 800 000 tonnes de matériel et 175 000 chevaux tout au long du conflit.
En raison des sous-marins prussiens qui rôdent, les bateaux de pêche sont équipés de canons, mais cela n’empêche pas les armateurs rochelais de payer un lourd tribut : deux bateaux neufs de l’armement D’Orbigny et deux tiers des navires de l’armement Delmas sont torpillés.
Le 1er mai 1916, une importante usine de mélinite de La Pallice, qui assurait 15 % de la production française, explose et provoque d’importants dégâts alentours, tuant 176 personnes et blessant 138 autres. La mélinite, autre nom de l’acide picrique, est abondamment utilisée comme explosif dans les obus de l’époque.
Entre-deux-guerres
Après la Première Guerre mondiale, et durant tout l’Entre-deux-guerres, la ville va connaître de nombreux bouleversements. Le développement du trafic automobile oblige à repenser les infrastructures de liaison avec l’île de Ré. À la fin des années 1920, une liaison sanitaire aérienne est établie à partir de La Rochelle. En 1930, le Conseil général adopte un projet de bac transbordeur et le port de La Pallice se voit octroyer un môle d’escale en mer, à l’endroit le plus profond du passage entre le continent et l’île de Ré, dont la construction s’achève en 1939.
Dès le 28 janvier 1932, la Chambre de commerce et d’industrie envisage sérieusement la création d’un aéroport à La Rochelle, en complément au môle d’escale, en liaison avec les paquebots transatlantiques. En 1933, des anciens pilotes de la première guerre, comme Pierre Vieljeux (fils de Léonce Vieljeux), Victor Lucas et Plantard, soutenus par la Ville et la Chambre de commerce, décident de créer un aéro-club et tentent de convaincre les autorités militaires de l’intérêt de l’aviation. Ces dernières vont mettre à leur disposition le terrain de Lagord en dehors des périodes de manœuvres. Le terrain est aménagé pour offrir deux pistes en croix de 650 mètres, et un hangar de 400 m² y est construit en 1934.
Seconde guerre mondiale
Dès le début de la Seconde Guerre mondiale, des bombardiers de la Luftwaffe larguent des mines magnétiques à l'entrée des ports français, notamment du port de La Pallice. Le paquebot Champlain est le premier de la longue liste des navires victimes de ces dernières.
En mai 1940, de nombreux réfugiés de l'exode, venant principalement d'Alsace, de Lorraine et de Belgique, affluent sur la ville, dans l'espoir de pouvoir embarquer à bord de navires pour l'étranger. L'écrivain Georges Simenon participe notamment à leur accueil.
À l'approche des Allemands et avec la signature à Rethondes de la convention d'armistice franco-allemande le 22 juin 1940, les Rochelais sabotent ou détruisent de nombreuses installations afin qu'elles ne tombent pas aux mains de l'occupant. Les réserves de pétrole et de carburant sont incendiées et le pétrolier Loing est sabordé.
Le 23 juin 1940, 20 000 soldats de la Wehrmacht, prennent possession de La Rochelle. Le même jour, le maire Léonce Vieljeux refuse d'obéir à un ordre lui intimant de hisser la croix gammée sur l’hôtel de ville et s'oppose systématiquement à l'affichage de la propagande nazie. Parallèlement, il aide des membres du réseau de résistance Alliance, auquel il appartient, à s'évader. Le 22 septembre 1940, il est destitué de ses fonctions de maire et expulsé de la ville en 1941. Revenu à La Rochelle, il est arrêté par la Gestapo au début de l'année 1944. D'abord interné à Lafond, transféré à Poitiers puis à Fresnes, il est emmené à Schirmeck près de Strasbourg, où il est détenu du 1er mai 1944 au 1er septembre 1944. Finalement, dans la nuit du 1er septembre 1944 au 2 septembre 1944, il est déporté au camp de concentration de Struthof, où il est exécuté d'une balle dans la nuque en même temps que 300 hommes et 92 femmes, à l'âge de 80 ans.