La persécution grandissante des Huguenots culmine avec la révocation de l’édit de Nantes par Louis XIV en 1685, entraînant l’émigration de nombreux Huguenots, dont beaucoup d’artisans ou de membres de la bourgeoisie, qui s’exilent et fondent des villes telles que New Rochelle en 1689. C’est un coup dur pour l’économie française.
Au XVIIe siècle et au XVIIIe siècle, le Vieux-Port de La Rochelle draine alors plus de la moitié du trafic colonial vers la Nouvelle-France. C’est une période prospère, marquée par d’intenses échanges avec le Nouveau Monde en général, et la Nouvelle-France (Canada et Antilles) en particulier. En 1694, le commerce de fourrures du Canada et de sucre des Antilles s’épanouit, et le rayonnement artistique de La Rochelle s’intensifie.
La mort du Roi Soleil, en 1715, voit l’accession au trône du futur roi Louis XV. Étant trop jeune pour gouverner, un régent est nommé en la personne de Philippe, duc d’Orléans. C’est la Régence, période au cours de laquelle le duc d’Orléans procède à bon nombre de changements politiques : modification des alliances, mise en œuvre des théories économiques de John Law, augmentation des libertés et légitimation du Parlement, réformes religieuses (Jansénisme). C’est dans ce cadre que le 5 février 1718, la mairie de La Rochelle est rendue de nouveau élective et composée d’un maire, tandis qu’est ouverte en 1719 la Chambre de commerce et d'industrie de La Rochelle.
C’est la grande époque du commerce triangulaire, en particulier de la traite des noirs. Des navires partent d’Europe, chargés de pacotilles destinées au troc, et se rendent dans les comptoirs côtiers d’Afrique, où ils échangent leur marchandise contre des captifs. Les prisonniers sont ensuite transportés dans des négriers vers les colonies d’Amérique, où ils travaillent comme esclaves à l’exploitation des ressources du continent. Les négriers retournent ensuite en Europe avec à bord les produits de cette exploitation. Mais déjà des voix rochelaises s’élèvent contre la traite des noirs. Léon Robert de L'Astran, fils d’un grand armateur rochelais, naturaliste et savant ayant effectué plusieurs voyages aux Amériques, dont un avec La Fayette, y est fermement opposé. À la mort de son père, il refuse que les navires dont il hérite soient utilisés pour cela. Cela n’empêchera pas La Rochelle d’être le deuxième port négrier de France, en assurant 11,4 % du trafic négrier français, à égalité avec Bordeaux, mais loin derrière Nantes qui en aura assuré 41,3 %.
En 1763, le traité de Paris attribue définitivement le Canada à la Grande-Bretagne, victorieuse de la guerre de Sept Ans. Les échanges avec la Nouvelle-France diminuent conséquemment, mais le port reste l’un des plus importants de France.
À cette époque, les navires marchands, avec leurs grandes vergues, ne rentrent pas dans le port, dont l’entrée est plus étroite que de nos jours, puisqu’entre les tours Saint-Nicolas et de la Chaîne existe une troisième tour, la petite tour de la Chaîne. Les navires restent donc échoués à l’extérieur, dans la baie, sur ce que l’on nomme « les vases », des barges procédant au transfert des marchandises entre les quais du port et ces navires.
Le tonnage des navires augmentant, l’entrée du port est élargie par la démolition de la petite tour de la Chaîne, et un bassin à flot intérieur, pour éviter l’échouage, est construit de 1778 à 1808. Avant même son achèvement, il se révèle trop petit, et un deuxième bassin, extérieur cette fois, est entrepris en 1807 et sera achevé en 1862 par Alfred Charles Ernest Franquet de Franqueville.
En 1787, Louis XVI institue l’Édit de tolérance, qui met fin aux persécutions des huguenots, mais ce n’est qu’avec la Révolution française de 1789 pour que le protestantisme retrouve totalement droit de cité.
Début 1793 la République annonce la reprise de la guerre de la course, c’est-à-dire le recours aux corsaires. De 1796 à 1802, le port de La Rochelle arme une douzaine de corsaires qui vont écumer les mers durant tout le Premier Empire.
Les guerres napoléoniennes, qui voient le Royaume-Uni s’assurer la maîtrise des mers et l’empereur Napoléon Bonaparte imposer le blocus continental, entraînent une réduction très importante du commerce maritime, et la ruine de La Rochelle, qui ne reviendra sur le devant de la scène qu’au cours du XXe siècle, à la faveur du développement de l’industrie et du tourisme. Le 6 août 1808, l’empereur visite la ville qui fait tirer des coups de canon en son honneur. Le 19 mai 1810, il signe un décret transférant la préfecture de Saintes à La Rochelle à compter du 1er juillet 1810.
Le 19 mars 1822, pendant la Restauration, quatre jeunes soldats du 45e régiment de ligne de La Rochelle, les sergents Bories, Goudin, Pomier et Raoulx sont arrêtés. Ils sont accusés d’appartenir à une organisation politique secrète complotant contre la monarchie restaurée, la Charbonnerie, et d’avoir voulu renverser le roi Louis XVIII. Refusant de rompre leur serment de silence en dénonçant leurs chefs, au rang desquels figure le célèbre marquis de La Fayette, ils sont sommairement jugés et condamnés à mort le 5 septembre 1822. Guillotinés en place de Grève à Paris le 21 septembre 1822, leur exécution provoque l’émoi de l’opinion publique qui, choquée par la sévérité des juges, les considère comme des « martyrs de la liberté ». Pour rendre hommage aux « Quatre sergents de La Rochelle », la tour de la Lanterne, dans laquelle ils ont été Enfermés durant leur emprisonnement, prend alors le surnom de « tour des Quatre Sergents ».
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